Berkyaruk ölünce tahta oğlu Melikşah geçti. Onun hükümdarlığını kabul etmeyen Mehmet Tapar kendi hükümdarlığını ilan ederek Melikşah üzerine kuvvetler gönderdi ve onu yakalatıp öldürttü.
Böylece, Mehmet Tapar rakiplerini etkisiz hâle getirip devleti yeniden birleştirerek tek başına tahta oturdu (1105).
Mehmet Tapar’ın siyasi hedeflerinden birisi Bâtıniliği ortadan kaldırmaktı. Siyasi hedeflerinden ikincisi ise Selçuklu topraklarında kurulan Haçlı devletlerini ortadan kaldırmaktı. Kudüs Krallığı’na gönderdiği ordu başarısız oldu ve bir sonuç alamadı (1115).
Mehmet Tapar, Müslümanları Haçlılara karşı korumaya çalışan son Büyük Selçuklu hükümdarı oldu. Mehmet Tapar ilk olarak Bâtınilerin elinde bulunan Şahdiz ve Han incan Kalelerini aldı. Daha sonra Bâtınilere son vermek için bir orduyu Alamut Kalesi’ni almaya gönderdi. Fakat sultanın ölmesi ve ölüm haberinin hızla yayılması, ordunun dağılmasına sebep oldu (1118).
