Alp Arslan, oğlu Melikşah’ı birinci Kafkasya seferinden döndükten sonra 1065’te veliaht olarak ilan etmişti. Melikşah, babasının ölümünden hemen sonra Nizamülmülk’ün de desteği ile tahta çıktı. Fakat amcası ve Kirman meliki Kavurd onun sultanlığını tanımadı ve yapılan savaşı Kavurd kaybetti.
Diğer taraftan hem Alp Arslan’ın ölümü, hem de Kavurd meselesini fırsat bilen, Selçuklulara bağlı Karahanlılar ve Gazneliler, Selçuklu sınırlarına saldırıya geçtiler. Kavurd meselesini halleden Melikşah, her iki devlete sefer düzenledi. Yeniden bu devletler Selçuklu hakimiyetini tanımak durumunda kaldılar (1073). Melikşah bu seferden dönüşte daha önce başkent olan Rey şehrini bırakıp kendisi için daha güvenli gördüğü İsfahan’ı devlet merkezi yaptı.
Tuğrul Bey zamanından beri Anadolu’ya devam eden akınlara Melikşah döneminde de devam edildi. Türkmen reislerinden Artuk ve Tutak, Süleyman ve Mansur Beyler, Batı Anadolu’ya kadar akınlar düzenleyerek buraları öğrenme fırsatı buldular. (1074). Süleyman Şah, İznik şehrini Bizanslılardan alarak Büyük Selçuklu Devleti’ne bağlı Anadolu Selçuklu Devleti’ni kurdu.
Alp Arslan zamanında Suriye’yi fethe memur edilen Atsız, bu görevi Melikşah zamanında da sürdürdü. Atsız, kısa zamanda Kudüs ve Şam dâhil olmak üzere bütün bölgeyi Fâtımîlerin elinden aldı. Ancak, Mısır üzerine yaptığı seferde Fâtımîordusuna yenildi. Elindeki bir kısım toprakları da kaybederek Şam’a geri çekildi. Atsız’ın bu başarısız seferi, yerine Melikşah’ın kardeşi Tutuş’un getirilmesine neden oldu. Şam’ı ele geçiren Tutuş, egemenliği altındaki topraklarda Büyük Selçuklu Devleti’ne bağlı olarak Suriye Selçuklu Devleti’ni kurdu (1079). Diyarbakır, Silvan Selçuklu yönetimine girdi. Mervani devleti ortadan kaldırıldı (1085).
Anadolu Selçuklu Devleti’nin kurucusu Süleyman Şah, Bizans İmparatorluğu ile anlaşma yapıp ve devletinin batı sınırlarını emniyet altına aldıktan sonra (1082) Suriye taraflarına sefere çıktı. Çukurova, Adana, Misis, Tarsus ve Antakya’yı Ermenilerden aldı. Daha da ileri giderek Hâleb’i kuşatınca Suriye meliki Tutuş’la karşı karşıya geldi. İki taraf arsında yapılan savaşı Süleyman Şah kaybetti ve şehit oldu (5 Haziran 1086). Hâleb emirinin şehrin anahtarını Melikşah’a vereceğini bildirmesi üzerine Sultan Melikşah İsfaan’dan hareket etti. Musul, Harran, Hâleb üzerinden Antakya’ya geldi. Buralara ve Urfa’ya emirler tayin etti. İdareyi düzene koyduktan sonra (10861087) Bağdat’a geçti. Parlak törenle karşılanan sultana halife tarafından “doğunun batının hükümdarı” unvanı verildi (1087).
Melikşah, 1089 yılında Batı Karahanlılardan şikâyet gelmesi üzerine Semerkant’a kadar uzanacak bir sefere çıktı. Bu seferinde Batı Karahanlı hükümdarı Ahmet Han’ı işbaşından uzaklaştırıp bu devlete son verdi. Doğu Karahanlıları da tâbi devlet hâline getirdi. Melikşah Anadolu’nun fethinde görevli bulunan Artuk Beyi Arabistan yarımadasının Selçuklu hakimiyetine alınması için görevlendirdi. Artuk Bey kısa sürede Arabistan yarımadasının doğusunu alarak ülke topraklarına kattı. Hicaz, Yemen, Aden gibi yerler de diğer Türkmen beylerince Selçuklu sınırlarına dahil edildi (1092).
Sultan Melikşah döneminin uğraştıran meselelerinden birisi de Bâtınilik oldu. Mısır’da Darü’l-Hikme denilen yüksek okullarda yetişen Şii propagandacılar dış ülkelere gönderilmişlerdi. Dai (davet eden) denilen bu propagandacılar, gittikleri ülkelerinde Mısır Fâtımî Devleti ideolojisine hizmet ediyor, taraftar toplamaya çalışıyorlardı.
Bâtınilik Şiiliğin en uç koludur. Bunlar Kur’an ayetlerinin hepsinde bir gizli (batın) mananın varlığına inanan insanlardır. Bunlar ayetleri kendilerince değişik yorumlamışlar ve ayrı bir mezhep hâline gelmişlerdir.
Bâtıniliği Selçuklu Devleti’ne taşıyan kişi Hasan Sabbah oldu. İranlı olan Hasan Sabbah Mısır’da yetişmişti. 1081’de Selçuklu Devleti’nin topraklarına giren Sabbah, hızlı bir propagandaya başladı. Özellikle ülke idaresinden memnun olmayan başı boş insanlardan taraftar topladı. Hasan Sabbah’ın bu dinî-siyasi hareketi 1090’da Alamut kalesini aldıktan sonra tehlikeli bir hal aldı. Hasan Sabbah, mevcut devlet düzenine karşı çıkıyordu. Mülkiyette ortaklığı savunuyor, insanlara cennet ve cehennem vadediyordu. Propagandasını gayet gizli yürütüyor, kendisine mani olanları da “fedai” denilen taraftarlarına hançerleterek öldürtüyordu.
Melikşah döneminde gelişme gösteren bu dinî-siyasihareket git gide toplumu bölecek bir sosyal yara hâline geldi. En nihayet Melikşah, Bâtıniler üzerine ordu sevketti. Fakat önce vezir Nizamülmülk, Bâtınilerce öldürüldü. Sonra Melikşah öldü (1092). Bunun üzerine Bâtıni hareketı sonuca ulaşamadı. Hasan Sabbah öldüğü 1134 yılına kadar saldırılarını sürdürdü.
Bâtınilere karşı bilhassa Sultan Sancar döneminde oldukça etkili tedbirler alındı. Ancak Bâtıniler ortadan kaldırılamadılar. Varlıkları Selçukluların yıkılışından sonra bile devam etti. 1256’yılında Moğol hükümdarı Hulagü Han, Alamut Kalesi’ni yıkarak bütün Batinileri ortadan kaldırdı.
Melikşah öldüğünde Selçuklu sınırları Maveraünnehir’den Akdeniz’e, Kafkasya’dan Yemen’e kadar uzanıyordu. Siyasi başarıların yanında devlet sosyal ve ekonomik bakımdan en parlak dönemini bu hükümdar zamanında yaşadı. Başarılı bir devlet adamı olan Nizamülmülk tarafından açılan medreselerde çok sayıda Müslüman bilim adamı ve sanatçı yetişti. Devlet Bâtınilik taarruzuna medreseyle karşı koymaya çalışarak akıllı bir siyaset izlemişti. Devrinde her bakımdan zirveye çıkılan bu yetenekli sultanın ölümü, Selçuklu tarihi ve bütün Türk tarihi için büyük kayıp olmuştu.
