Büyük Selçuklu Devleti Melikşah’ın ölümüyle fetret devrine girdi. Melikşah’ın eşi Terken Hatun, oğlu Mahmut’un tahta çıkmasını istiyordu. Melikşah’ın diğer oğlu Berkyaruk ise bunu kabul etmedi. Berkyaruk, kardeşi Mahmut ve Terken Hatun’la girdiği mücadeleyi kazanarak Rey şehrinde tahta çıktı (1093).
Bu sırada Suriye’yi yöneten amcası Tutuş da tahtta hakkı olduğunu söyleyerek ayaklandı. Rey yakınlarındaki savaşı Berkyaruk kazandı ve Tutuş öldürüldü (1095).
Berkyaruk, kardeşi Sencer’i Horasan’a, diğer kardeşi Mehmet Tapar’ı da Azerbaycan’a vali olarak atadı. Ancak bir süre sonra Mehmet Tapar Berkyaruk’a karşı ayaklandı. İki kardeş arasındaki mücadele devlet büyüklerinin araya girmesi ile antlaşmayla sonuçlandı (1104). Antlaşmaya göre ülkenin batı bölümü Mehmet Tapar’da, doğusu (Bağdat dâhil) ise Berkyaruk’ta kalacaktı. Bu olaydan kısa bir süre sonra Berkyaruk öldü (1104).
Taht mücadeleleri sırasında Avrupa’dan gelen büyük Haçlı taarruzuna, devlet gerekli tedbiri alamadı. Bu yüzden 1098 yılından itibaren Antakya, Urfa, Trablus, Şam ve Kudüs gibi merkezler Haçlıların eline geçti. Haçlılarla büyük ölçüde Anadolu Selçuklu Devleti mücadele etti.
Yine bu dönemde ülke içinde anarşik bir unsur olarak doğan Bâtınilik meselesi büyüdü. Bunun sebebi hem bu gizli teşkilata yönelik tedbir alınamaması hem de istismara açık ekonomik ve sosyal meselelerin artış göstermesiydi.