Kısa sürmesine rağmen Moğol hâkimiyeti Yakın Doğu’da pek çok olumsuz iz bırakmıştır. İstila sırasında Maveraünnehir, İran, Irak ve Anadolu şehirleri büyük zarar görmüş, kaynakların rivayetlerine göre milyonlarca insan öldürülmüştür.
Tarihçiler arasındaki yaygın kanaate göre İslam tarihinde Moğol istilası ile mukayese edilebilecek başka bir felaket yoktur. Moğollar İslam kültür ve medeniyetini çiğneyip tahrip etmişler ve İslam ülkelerini harabeye çevirmişlerdir.
Mescidler ahır hâline getirilmiş, mushaf sayfaları hayvanların ayakları altına serilmiş, İslam kültür mirasına dair kıymetli eserler yakılmış veya nehirlere atılmıştır. Bu istilayı bizzat yaşamış kişilerle görüşen Orta Çağ’ın en güvenilir tarihçilerinden İbnü’l-Esîr, Tatar istilasının Hz. Âdem’den beri insanoğlunun maruz kaldığı en büyük felaket olduğunu ve Buhtunnasr’ın İsrâiloğulları’na yaptığı katliamla Kudüs’teki tahribatın bu korkunç musibetle asla karşılaştırılamayacağını söyler (el-Kâmil, XII, 316-317).
Moğol istilâsı Çin, Orta Asya, Yakın Doğu ve Doğu Avrupa’nın etnik ve kültürel yapısının yeniden şekillenmesinde önemli rol oynadı. Özellikle Türk dünyasının etnik yapısı kökünden yıkıldı; Uygur, Karluk, Kıpçak gibi Türk kavimleri parçalanıp Moğol topluluklarının alt tabakalarını oluşturdular. Irak Bölgesi siyasal ve kültürel üstünlüğünü kaybetti. Memluk Türkleri sayesinde Mısır ve Suriye onun yerini aldı. Moğollar karşısında tutunamayan pek çok Türk boyu İran yaylası üzerinden Anadolu’ya göç etti.
Yeni gelen kalabalık kitleler, uçlara doğru çekilip Anadolu’nun Türkleşmesi’nde ve Anadolu Selçuklu Devleti’nin yıkılıp Türkmen beyliklerinin kurulmasında önemli rol oynadı. Türkmen kitlelerinin yanı sıra memleketleri yakılıp yıkılan pek çok İranlı da Anadolu’ya sığınarak Selçuklu Devleti’nin hizmetine girdi. Bu gelişmeler, XIII-XIV. yüzyıllarda Anadolu şehir hayatını İran kültür sahasının tesirlerine sokarken uçlarda da Türkmenlerin etkinliklerini arttırmasına zemin hazırladı. Öte yandan bütün Yakındoğu’da göçebe kültür ağırlık kazandı.
Türk-Moğol giyim tarzı Moğol hâkimiyetine girmeyen Suriye ve Mısır gibi ülkelerde dahi taklit edildi. İstilanın meydana getirdiği karanlık tablo toplumun psikolojisini de etkiledi. Bu etki insanlarda dünyevi hayattan kaçış şeklinde ortaya çıktı. Moğollar’ın zulüm ve baskılarına maruz kalan halkın dinî eğilimleri arttı. Bu durum İslam dünyasında akli ilimlerin gerilemesine yol açarken dinî-tasavvufi hareketlerin güçlenerek gelişmesi için uygun bir zemin hazırladı.
Moğol hâkimiyeti, özellikle ilk yarım asırdaki katliam ve tahrip döneminden sonra Yakın Doğu’da bazı olumlu izler de bıraktı. İlhanlı hakimiyetinin merkezi olan Azerbaycan’da Gâzân Han zamanında Ucan ve Şenbigâzân, Olcaytu döneminde Rab’ıreşîdî ve Sultaniye gibi yeni yerleşim merkezleri kuruldu. Bunun yanı sıra Tebriz ve Merâga gibi İlhanlı hükümdarlarının devamlı temas hâlinde bulundukları büyük şehirlerde önemli imar faaliyetleri yürütüldü.
İran tarih yazıcılığının en büyük eserleri İlhanlı Sarayı ile irtibatta olan tarihçiler ya da bu devletin hizmetinde çalışan bürokratlar tarafından kaleme alındı. İlhanlı vergi ve maliye usulü bu coğrafyada daha sonra kurulan mahallî idareler tarafından aynen benimsendi.
Ön Asya’dan Çin’e kadar bütün toprakların bir tek devletin sınırları içerisinde birleştirilmesi, doğu-batı ticaretinin gelişmesi ve Çin kültürünün Yakın Doğu’ya taşınması için zemin hazırladı. Bu dönemde pek çok eser Çince’den Farsça’ya çevrildi. Aynı tesirler başta minyatür olmak üzere güzel sanatlar alanında daha belirgin hissedildi. Moğol hükümdarları astronomi ilmine ilgi duydular ve bu yöndeki çalışmaları teşvik ettiler. İslam dünyasının en büyük rasathanelerinden biri olan Merâga Rasathanesi’nin yanı sıra Tebriz’de de bir rasathane kuruldu.
Moğollar, XVI. yüzyıldan sonra anayurtları olan Moğolistan topraklarında muhtelif kabile ve kabileler federasyonu hâlinde çok defa birbirleriyle savaşarak yaşamaya devam ettiler. Kuzey Çin’deki Moğollar 1691’den itibaren Çinlilerin hakimiyeti altına girdiler. Bu durum 1921’de Moğolistan Halk Cumhuriyeti’nin (1992-den beri Moğolistan Cumhuriyeti) kurulmasına kadar devam etti. Bugün Moğolistan Cumhuriyeti’nin yanı sıra Çin Halk Cumhuriyeti, Rusya Federasyonu, Mançurya, Tibet ve Afganistan’da da az miktarda Moğol yaşamaktadır. (Osman Gazi Özgüdenli,Moğollar,İslam Ansiklopedisi C 30, S 228-229)