Matematik, geometri, astronomi, felsefe, kelam, tefsir, hadis ve fıkıh derslerinin okutulduğu Osmanlı medreselerinin büyük bir bölümünün avluları büyük bir kubbe ile örtülüdür.
Genellikle ortada revaklı avlusu ile büyük bir dershanesi, mescidi, öğrenci ve öğretmenlere ait odaları bulunmaktadır.
16. yüzyılın sonlarına değin Osmanlı mimarlığında medreseler cami merkez li külliyelerin parçası olarak tasarlanmışlardır. Bu tarihlerden sonra külliye yapısına getirilen değişikliklerin sonucunda külliye düzenlemeleri gelişmeye başlamıştır.
Bu dönemde medrese, sebil, türbe ve sıbyan mektebiyle bir bütün oluşturmuştur. İstanbul’daki Gazanfer Ağa (1591), Bayram Paşa (1635) Külliyeleri bu oluşumun ilk akla gelen örnekleridir.
Osmanlılarda çoğunluğu açık avlulu medreseler oluşturmuştur.
İznik Süleyman Paşa Medresesi (1332): Yapı, 14. yüzyılın ilk yarısında Orhan Bey zamanında yapılmış ve o tarihten günümüze kalabilmiş en eski Osmanlı medresesidir. U planlıdır.
Avlulu medreselerin ilk örneği olan yapıda on bir oda, bir dershane ve bunları örten 19 kubbe vardır.
Osmanlıların ilk dönemlerinde yapılan medreselerde eski plan tipleri uygulanmış ancak örtü sisteminde eyvanların ve odaların kubbeyle örtülmesiyle mekan örtüsüne değişiklik getirilmiştir. İlk kez bir açık avlulu medrese olan İznik Süleyman Paşa Medresesi’nde (1332) denenen bu değişik yaklaşım 15 ve 16. yüzyıl medreselerinin çoğunda uygulanmıştır.
Bursa Yeşil Medrese (14201424): Revakların taş ayaklar üzerine mermer sütunlara bindirilerek revak örtüsünün kubbeyle donatılması ilk kez Yeşil Cami ile birlikte yapılan medresede gerçekleştirilmiştir.
Sultaniye Medresesi adıyla da bilinen, birçok ünlü bilginin yetiştiği yapı, Mimar Hacı İvaz Paşa’nın eseridir. Plan olarak Anadolu Selçukluların açık avlulu medreselerinin bir devamı görünümündedir.
Dıştaki pencereleri, sivri kemerli olup nişlerin üzeri renkli sır tekniğinde çinilerle süslenmiş Bursa Yeşil Medrese, günümüzde Türk İslam Eserleri Müzesi olarak kullanılmaktadır. (Resim 02.68)
Bursa Muradiye Medresesi (1425): Bursa’nın en güzel medresesi olarak bili nen yapı, Sultan III. Murat tarafından açık avlulu planda inşa ettirilmiştir. Avluyu çeviren birer pencere ve ocaklı on altı dershane odasının üzeri kurşun kaplı kubbe ile örtülüdür.
Muradiye Medresesi, güzelliğini duvarlarındaki ustalık ürünü tuğla işçiliğine borçludur. Dershane olarak kullanılan büyük eyvanın duvarları firuze ve lacivert çinilerle süslenmiştir. Duvarlar, kirpi saçaklıdır. (Tuğlaların üst üste şaşırtılarak dizilmesiyle oluşturulmuş saçak.) Osmanlıların diğer önemli medreseleri arasında Edirne Bayezıt ve İstanbul Fatih Medreseleri bulunmaktadır.