Akıntılı su kütlelerine sahip akarsu ekosistemlerinde yeryüzü şekilleri ve suyun akış hızı biyoçeşitliliği etkilemektedir. Akarsuların yukarı çığrında yatak eğimi fazla, akış hızı yüksek ve sular soğuktur. Dolayısıyla bu alanda biyoçeşitliliğin az olduğunu söylemek mümkündür. Akarsuyun orta çığrından itibaren akış hızı azalmakta ve akarsu yatağı genişlemektedir.
Bu durum, canlı yaşamını olumlu etkileyerek biyoçeşitliliğin artmasını sağlar (Görsel 1.33). Akarsuyun denize döküldüğü ağız kısmı ise sıcaklık ve tuzluluk yönünden elverişli şartları taşıdığı için biyoçeşitlilik açısından oldukça zengindir.
Ayrıca karalardan denizlere besin maddesi taşıyan akarsular, ağız kısımlarında mineral ve organik madde bakımından zengin bir yapı teşkil etmektedir. Bu bakımdan akarsu ağızları, fitoplanktonlardan kuşlara kadar birçok canlı için önemli bir yaşam alanıdır.