SSCB’nin 1989’da Afganistan’daki birliklerini çekmesinden sonra SSCB destekli Afganistan Devlet Başkanı Muhammed Necibullah ile ABD’nin desteklediği İslami mücahit örgütleri arasında çatışmalar başladı.
1992’de mücahitler başarılı oldu ama 1996’ya kadar Rabbani, Hikmetyar ve Raşit Dostum gibi liderler arasında çatışmalar yaşandı.
Bu ortamdan yararlanarak 1994’te Molla Muhammet Ömer liderliğinde kurulan Taliban (Talebeler) Hareketi, 1996’da Kabil dâhil olmak üzere Afganistan’ın büyük bölümüne egemen oldu. Taliban yönetimine karşı olan birçok mücahit grup ve Raşit Dostum güçleri Afganistan’ın kuzeyinde “Kuzey İttifakı” adı altında birleştiler.
Taliban, yönetimindeki yerlerde şeriatı uyguladığını ileri sürerek özellikle kadınların çalışmalarını engelledi, tek başlarına ve peçesiz sokağa çıkmalarını yasakladı. Soğuk Savaş Dönemi sonrası bölgede Usame Bin Ladin gibi terör eylemi yapan kişi veya gruplar etkili olmaya başlamıştı.
BM Güvenlik Konseyi, 1999-2000’de Usame Bin Ladin’le birlikte terörizme destek verdiği ve uyuşturucu ticareti yaptığı gerekçesiyle Taliban’a karşı yaptırımlara başladı. Taliban 2001’de Bamiyan’daki 5. yüzyıla ait dev Buda heykellerini yıkmış, Kabil Müzesindeki birçok eseri de İslamiyete aykırı olduğu iddiasıyla yok etmiştir.
11 Eylül 2001’de ABD’nin New York şehrindeki Dünya Ticaret Merkezi’ne (ikiz kuleler) ve ABD Savunma Bakanlığı’na (Pentagon) saldırı gerçekleşti. ABD bu saldırıdan sorumlu tuttuğu Usame Bin Ladin’in Afganistan’da olduğunu iddia ederek teslim edilmesini istedi.
Taliban’ı teslim etmeyeceğini açıklamasının üzerine ABD, 7 Ekim 2001’de Afganistan’a hava taarruzu başlattı. Afganistan’daki Kuzey İttifak da başta Raşit Dostum olmak üzere ABD’ye karadan destek verdi. Yoğun hava saldırıları sonucunda Taliban, yönetimden çekildi, yerine Hamid Karzai liderliğindeki hükûmet göreve başladı.
BM Güvenlik Konseyi ülkede güvenliği sağlamak amacıyla Uluslararası Güvenlik Destek Gücü (ISAF) kurdu. Türkiye’nin 2004’ten itibaren komutasını yaptığı ISAF, Kabil ve çevresinde güvenliği sağlamış ancak ülkenin bütününde tam olarak etkili olamamıştır. İç mücadele ve çatışmalar hâlâ yaşanmaktadır. ABD, nokta operasyonu ile Usame Bin Ladin’i öldürdü.