Osmanlı Mebusan Meclisinin aldığı Misakımillî Kararları, İtilaf Devletleri arasında büyük şaşkınlık ve kızgınlığa neden oldu.
Öncelikle Osmanlı Hükûmetine karşı baskı ve tehditlerini yoğunlaştırdılar. Bazı milletvekilleri, asker ve bürokratlar, Temsil Heyeti taraftarı oldukları gerekçesiyle tutuklandılar.
İtilaf Devletleri, millî hareketi sindirmek ve kurtuluş umutlarını söndürmek için 16 Mart 1920’de İstanbul’u resmen işgal etmeye başladılar.
16 Mart 1920 sabahı İtilaf Devletleri donanmalarına bağlı askerler erkenden karaya çıktılar. İlk hedefl eri Şehzadebaşı Karakolu’ydu. Karakola saldıran işgalciler, uyuyan erleri yataklarında katlettiler. İstanbul’un kilit noktalarını ele geçirdiler.
Postaneleri denetim altına alarak Anadolu ile haberleşmeyi durdurdular. Resmî daireleri işgal ettiler. Harbiye Nezaretine (Savaş Bakanlığı) girerek Nazır Fevzi Paşa’yı makamından çıkardılar. Bu arada millî hareket taraftarı asker, memur ve gazete yazarlarını tutukladılar. Ayrıca Osmanlı Mebusan Meclisine girip yakaladıkları milletvekillerini tutuklayarak Malta Adası’na sürgüne gönderdiler.
Yakalanmaktan kurtulan milletvekilleri gizlice Ankara’ya, Mustafa Kemal’in yanına gittiler. İtilaf Devletleri, İstanbul’un her tarafına bildiriler asarak millî hareketin sona erdirilmesini, aksi hâlde İstanbul’un Türklerin elinden alınacağını bildirdiler.
İstanbul’un İtilaf Devletleri tarafından işgali ile Osmanlı Devleti’nin varlığı fi ilen sona ermiş oldu. Padişah ve hükûmet güçsüz, yetkisiz ve tutsaktı. Kendilerine İtilaf Devletleri tarafından verilen emirleri yerine getirmekten başka çareleri yoktu.
Bu işgal ile Türk varlığına son verilmek isteniyordu. Mustafa Kemal, bu işgalin insanlığın kutsal saydığı hürriyet, bağımsızlık ve insan haklarına aykırı olduğunu belirterek işgali şiddetle protesto etti.