Tohumun çimlenmesinde genetik ve çevresel faktörler etkili olur. Çevresel faktörlerin en önemlileri; sıcaklık, su ve oksijendir. Bazı bitki tohumları, çimlenmek için ışığa ihtiyaç duyar.
Sıcaklık: Birçok bitki tohumu belirli bir sıcaklık aralığında çimlenir. Sıcaklık, enzimlerin çalışma hızında ve tohumun su almasında etkilidir.
Çimlenme için diğer koşullar uygun olsa bile minimum bir sıcaklığın altında veya maksimum bir sıcaklığın üstünde çimlenme gerçekleşmez. Soğuk ortamlarda çimlenme yavaştır. Çimlenme için gerekli olan sıcaklık, bitki türlerine göre farklılık gösterir.
Bitkinin türüne bağlı olarak sıcaklığın belli bir değere kadar yükselmesi çimlenme hızını artırmaktadır.
Su: Tohumun çimlenmesi için ortamda yeterli miktarda su olması gerekir. Tohuma alınan su; metabolik faaliyetleri hızlandırır, enzim faaliyetlerini başlatır. Yeterli suyun olduğu ortamlarda tohum çimlenerek gelişir.
Tohumun çimlenmesi için gerekli olan su, çimlenme sonrası bitkinin büyümesi için de gereklidir.
Oksijen: Çimlenme sırasında metabolik faaliyetlerin gerçekleşmesi için enerji gereklidir. Embriyonun gelişimi için ihtiyaç duyulan enerji, çeneklerdeki besinlerin oksijenli solunumla parçalanması ile sağlanır.
Yeterli oksijenin olmadığı ortamlarda çimlenme süresi uzar veya çimlenme gerçekleşmeyebilir. Tohumun çimlenmesi sırasında ortamdaki su miktarı çok olursa tohum yeterli oksijen alamaz ve çimlenme durur.