Bölge oluşturulurken karşılaşılan en büyük zorluk sınırlarının belirlenmesidir. Bu durumun en önemli nedeni bölge oluşturmada kriter olarak belirlenen doğal ya da beşerî unsur ve özelliklerin çoğu kez keskin sınırlar oluşturmamasıdır.
Birbirinden farklılaşmış olan yerlerin aralarında geçiş alanlarının bulunması, bölge belirleme işlemini zorlaştırır. Örneğin yağış ya da bitki örtüsü gibi özellikler haritada hatlar hâlinde birdenbire değişmez. Kademeli bir geçiş söz konusudur.
Akarsu ya da dağ sıraları gibi doğal unsurların bölge sınırlarının belirlenmesinde esas alınması bazı sorunlara yol açar. Her ne kadar bu tür sabit doğal unsurların birer engel oluşturarak etkili bir sınır oluşturdukları düşünülse de zaman zaman ayrılık değil, birlik oluşturur.
Örneğin Tuna Nehri’nin havzası içerisinde 19 ülke bulunur. Dolayısıyla Tuna Nehri’nin havza sınırı ile ülkelerin siyasi sınırları çakışmamaktadır (Harita 3.15).
Aynı durumu işlevsel bölgelerde de görmek mümkündür. Örneğin şehir bölgelerinde şehrin kamu ulaşım araçları ile alışveriş merkezlerinin hizmet ettiği alanlar birbirine denk düşmeyebilir.
Bölge sınırlarının belirlenmesinde ele alınan kriterlere hangi detayda bakıldığı çok önemlidir. Aynı kriterlerle farklı ölçeklerde farklı sınırlar belirlenir. Küçük ölçekli haritalar üzerinde homojen görülen sahalar, daha detaylı haritalar üzerinde daha küçük ve farklı kısımlara ayrılır.