Balkanlar’da Türkiye ile tarihî ve kültürel bağlara sahip olan Türk ve Müslüman nüfusun haklarının korunması sorunu, Türk dış politikasında 1980’lerden itibaren gündeme gelmiştir.
Doğu Bloku’nun dağılmasından sonra haritası yeniden çizilen Balkanlar’da özellikle Yugoslavya toprakları üzerinde birçok yeni devlet kuruldu. Bu durum, beraberinde iç çatışmalar da getirdi. Özellikle Bosna Savaşı sırasında Türkiye, bütün uluslararası kuruluşları göreve çağırarak aktif bir rol oynadı.
Kosova’nın bağımsızlığını kazanma sürecinde oluşturulan BM Barış Gücü içinde Türk askerleri de yer aldı. Bölgedeki yardıma ihtiyaç duyulan bölgelere Kızılay aracılığı ile ilaç ve insani yardım gönderildi. Ayrıca Arnavutluk ve Makedonya’da yaşanan sorunların çözümünde Türkiye aktif rol almış, Makedonya’nın bağımsızlığını tanıyarak bu ülkelerin ordularının modernizasyonu işini üstlenmiştir.
Bulgaristan ile Türkiye arasındaki ilişkiler 1980’lerin ortasında gerginleşti. Todor Jivkov’un liderliğindeki Bulgaristan’da yaklaşık 1,5 milyon Türk; isimlerinin, dillerinin ve kısmen inançlarının yasaklanarak zorla Slavlaştırılma politikasıyla karşı karşıya kaldı. Türkiye, bu baskıları uluslararası alana taşıdı ancak uluslararası örgütlerin tepkilerine karşın Bulgaristan uygulamalarından vazgeçmedi.
Bulgaristan’ın baskılarını arttırması üzerine 1989’da Türkiye sınır kapılarını açtı ve yaklaşık üç yüz bin Türk, Türkiye’ye göç etti. 1989’da Jivkov’un iktidardan ayrılması üzerine yeni Bulgar yönetimi uluslararası baskıların da etkisiyle asimilasyon politikasına son verdi. 1990’larda, Bulgaristan ve Romanya’ya yatırımların artması ile ilişkiler gelişmiş, Türkiye buralarda etkinliğini arttırmıştır.
Türkiye’nin Balkan politikalarında önemli yere sahip ülkelerden bir diğeri de Yunanistan’dır. Balkanlar’da meydana gelen değişim sürecinde Yunanistan ile yaşanan sorunlardan biri Batı Trakya Türkleri Sorunu olmuştur. Yunanistan, Batı Trakya’daki Müslüman Türk azınlığı, sistemli bir şekilde insan hak ve hürriyetlerinden mahrum bırakarak ayrımcı politikalar gütmektedir. Türk azınlığı, bir etnik veya millî azınlık yerine dinî bir azınlık olarak değerlendirmektedir.
Yunan yetkilileri Türklerin dinî liderlerini seçme hakkını Lozan Antlaşması’na aykırı olmasına rağmen engellemiş, “Türk” kelimesinin kullanımını yasaklamış; “Türk Öğretmenler Derneği”, “Komotini Türk Gençlik Derneği” gibi dernekler; isimlerinde ve tabelalarında Türk kelimesi kullandıkları için kapatmıştır. Sadık Ahmet gibi Batı Trakyalı Türk aydınlarının çabalarıyla uluslararası gündeme yerleşen Batı Trakya Sorunu, insan hakları kuruluşlarının baskısı ile 1995 sonrasında Yunanistan’ın politika değiştirmesiyle yoğunluğunu azalttı.
Ege Kıta Sahanlığı ve Ege Adalarının silahsızlandırılması konusu çözüm bekleyen sorunlardan iken 1996’da Ege Kara Suları sorunu çerçevesinde çıkan Kardak Kayalıkları Sorunu iki ülkeyi neredeyse silahlı bir çatışmanın eşiğine getirdi. Bu gelişmelere rağmen 1999’da Türkiye’de, ardından da Yunanistan’da meydana gelen depremlerde iki ülkenin birbirlerine yardım etmeleri, toplumlar düzeyinde bir yumuşamanın oluşmasını sağlamıştır. Gelişmeler üzerine Yunanistan, Aralık 1999’da Helsinki Zirvesi’nde Türkiye’nin AB adaylığına karşı çıkmamıştır. Türkiye ile Yunanistan arasındaki anlaşmazlık konularından biri 1960’lardan itibaren çözüm bekleyen Kıbrıs Sorunu’dur.
Kıbrıs’ta, eşit haklara sahip iki toplumlu bir model savunan Türkiye’nin bu tezine karşın Yunanistan, tek temsiliyetli ve uzlaşmaz bir tavır sergiledi. Sorunun çözümü için 1 Ocak 1997 ile 31 Aralık 2006 arasında BM Genel Sekreterliği görevini yürüten Kofi Annan tarafından hazırlanan plan ile Birleşik Kıbrıs Cumhuriyeti’nin bakanlıklarının üçte biri Türklerden oluşacak, devlet başkanlığı ve başbakanlık ise on ayda bir iki toplum temsilcilerince değişilecekti. 2004’te her iki kesimde de halk oyuna sunulan Annan Planı Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti tarafından %65 evet oyu ile kabul görürken Güney Kıbrıs’ta %76’lık hayır oyu ile reddedildi.
BM Güvenlik Konseyi, 26 Nisan 2004’te Türk toplumunun, Annan Planı’nı kabul etmesini, Türklerin Avrupa Birliği içinde bir gelecek isteği ve yeniden birleşme için kolaylaştırıcı bir durum olarak değerlendirmiştir. Annan, aynı gün Güvenlik Konseyi üyelerine, Kıbrıslı Türklerin izolasyonuna neden olan kısıtlamaların kaldırılması çağırısı yaptı. Aynı yıl Güney Kıbrıs AB’ye tam üye oldu. Böylece Kıbrıs, AB ile Türkiye arasında da bir soruna dönüşmüş oldu.