II. Dünya Savaşı’nın sonundan 1960’a kadar Türk-Amerikan ilişkilerinde herhangi bir ciddi anlaşmazlık veya sorun ortaya çıkmamıştır.
Amerika, Türk dış politikasının dayanak unsuru hâline gelmiş, iki ülke stratejik ittifak oluşturmuştur. 1960’tan itibaren Türk-Amerikan ilişkilerinde önemli gelişmeler oldu. 1962’de yaşanan Küba Ekim Füzeleri krizi sırasında ABD ve SSCB arasında yapılan görüşmelerde Türkiye’deki Amerikan füzeleri pazarlık konusu oldu.
Sovyetler Birliği, Küba’ya yerleştirdiği Ekim füzelerini kaldırmayı, ABD’nin Türkiye’ye yerleştirdiği Jüpiter füzelerinin kaldırılması şartına bağlaması Türkiye’yi bir anda sorunun parçası hâline getirdi. ABD’nin Türkiye ile görüşmeden Jüpiter füzelerini kaldırmayı kabul etmesi, Türkiye’nin güvenliğinin tehlikeye sokulduğuna ilişkin görüşlere yol açtı.
Kıbrıs’ta yaşanan sorunlar ve Türkiye’nin 1964’te Ada’ya müdahale etme kararı alması, Türk-Amerikan ilişkilerinde gerilime yol açtı. ABD Başkanı Johnson, Başbakan İnönü’ye yazdığı mektupta Türkiye’nin Ada’ya müdahalesi durumunda olası bir Sovyet saldırısında Türkiye’ye NATO’nun yardım etmeyebileceğini vurguladı.
Bu durum, Türkiye’de ABD ve NATO’ya karşı güvensizlik oluşturdu. Türkiye, 1965’te BM Genel Kurulunda Amerika’nın Vietnam’da güç kullanmasına karşı çıktı. Aynı yıl ABD tarafından NATO bünyesinde oluşturulmak istenen nükleer kapasitesi yüksek Çok Taraflı Güç Oluşturma Projesi’ne katılma kararından vazgeçtiğini açıkladı.
1969’da iki ülke arasında imzalanan Ortak Savunma ve İş Birliği Antlaşması’nda ABD üslerinin Türkiye’nin denetimine açık olması, Türkiye’nin izni olmadan herhangi bir ülkeye karşı kullanılmaması kararlaştırıldı. ABD, 1974’teki Kıbrıs Barış Harekâtı’ndan sonra 1978’e kadar Türkiye’ye uyguladığı ambargoyu sürdürdü. Türkiye-ABD arasında yaşanan bir diğer sorun da haşhaş ekimi oldu.
ABD Başkanı Nixon, ülkesinde artan uyuşturucu sorunu nedeniyle ABD’ye gelen afyonun büyük bölümünün Türkiye’den taşındığını iddia ederek Türkiye’ye baskı uygulamaya başladı. Türk hükûmetleri ülkedeki haşhaş ekimini sınırlama ve yasaklama yollarına kadar gittiler.
Ancak 1974’te Başbakan Bülent Ecevit’in hem tıp sektöründe afyona ihtiyaç olması hem de kamuoyunun isteği üzerine haşhaş ekimini serbest bırakması ABD ile ilişkilerin bozulmasına neden olacak başka bir soruna yol açtı.